蔡氏本出黄帝玄孙后裔，为舜农官，封于邰，号后稷，别姓姬，传至古公亶父生三子，三子季历生姬昌（即周文王），文王正妃太姒生十子，次子姬发（即周武王）继父伐纣灭商，建立周王朝，封五弟叔度于蔡（今河南上蔡、新蔡等县地），后被周公旦流放而死，周成王复封其子胡（蔡仲）于蔡，以奉蔡叔之祀。子孙以国为姓氏。这就是蔡氏的由来。

蔡国经历春秋战国662年，传二十三世、二十五位国君。处于列强包围中的蔡国，屡受侵扰，三易其都，至蔡第二十三世终不敌楚惠王而亡国。蔡国后裔遂流衍、蔓延全国各地。

蔡叔度之二十九世蔡章仕秦，封济阳郡公。自秦汉以后数百年，蔡氏族人多居住河南济阳，济阳乃西晋时由陈留分置的郡名，辖区近于秦汉的济阳郡。由于蔡氏族人聚居于此，乃以“济阳”为郡望，称“济阳蔡氏”。

济阳蔡氏于唐代由丹阳镇江向江西浙江一带发展，时有蔡剑为唐江南西道节度副使，居住江西高安。蔡剑之孙蔡郊为唐主管判官，徙居浙江钱塘，其子屯田员外郎蔡彦礼。彦礼之子用元、用明兄弟于唐大中年间举家由钱塘南迁入闽。先卜居仙游赤湖蕉溪（今枫亭附近）。蔡用元即成为莆田始祖。后代蔡襄乃北宋庆历名臣，为官清正，政绩卓著，担任泉州太守时主持建造洛阳桥，名扬天下。蔡用明于唐咸通元年（860年）再卜居晋江青阳，成为青阳蔡氏始祖。

往后入闽者，有宋代河南固始县三兄弟（名字不祥），初居福州，后分姓分处辟地开族，长入辛姓，居惠安、漳州；次入柯姓，居晋江、永春；三仍蔡姓，居泉州洛阳桥南。

在晋江青阳蔡氏祠堂的正厅，有这样一副对联，上联是：“裔出周代，肇基唐代，官封宋代，长绵百代振家声”，下联是：“脉映济阳，支分莆阳，派衍青阳，好就三阳开泰运”。这副对联概括说明了青阳蔡姓的源流和发展。溯本追源，青阳蔡氏根在济阳，后又传衍到福建莆阳，再由莆阳迁居青阳，故称“济阳——莆阳——青阳，三阳开泰”。

明崇祯年间，已有蔡鸣震自金门迁入澎湖。郑成功率军收复台湾时随之入台的亦有不少蔡姓人，留在云林、屏东等地垦植。据统计，目前台湾地区蔡姓人口近百万人，占台湾第九大姓，与泉州百家姓中蔡姓居第九大姓排列顺序相同，也充分说明泉台蔡氏的历史渊源关系极其密切。此外，新、马、泰、印尼、越南等东南亚各地以及日本的蔡氏，近些年来都经常来福建尤其是到泉州寻根谒祖。

位于南安官桥镇漳里村的蔡氏古民居建筑群是福建闽南传统民居建筑的杰出代表，深深受到了佛教、伊斯兰教文化及南洋文化和西方建筑艺术的影响，其宏大的规模、严整的布局、精美的雕饰、丰富的内涵，被誉为一座地地道道的清朝闽南建筑博物馆，2001年被国务院批准为国家级重点文物保护单位。